С приетия Правилник за устройството и дейността на КПКОНПИ и на нейната администрация  (ПУДКПКОНПИНА), обн. в ДВ, бр. 55 от 03.07.2018 г., изм. и доп. в ДВ, бр. 89 от 26.10.2018 г., се уреждат устройството, дейността, организацията на работа в Комисията, числеността и структурата на нейната администрация, правилата за взаимодействие и координация между административните звена, както и съставът, районите на действие и организацията на работа на териториалните ѝ дирекции.

 Администрацията на Комисията е организирана в звена, които са на пряко подчинение на председателя, и дирекции на обща и специализирана администрация.

 На пряко подчинение на председателя са звената „Кабинет“; „Вътрешен одит“; „Финансово управление и контрол“; „Инспекторат“; „Връзки с обществеността“; „Международно сътрудничество“, както и Служителя по сигурността на информацията“ и Длъжностното лице по защита на личните данни.

 Общата администрация на Комисията е организирана в две дирекции: „Административно-правно и информационно обслужване“ (АПИО) и „Финансово-стопански дейности и управление на собствеността“ (ФСДУС).

 Специализираната администрация е организирана в дирекции „Координация и контрол“ и „Управление на обезпеченото имущество“ в централна администрация и в пет териториални дирекции, както следва:

• ТД София с четири отдела: ТО София, ТО Благоевград, ТО Видин и ТО Враца;
• ТД Бургас с два отдела: ТО Бургас и ТО Сливен с Изнесено работно място (ИРМ) Ямбол към него;
• ТД Варна с два отдела: ТО Варна с ИРМ Добрич към него и ТО Шумен;
• ТД Велико Търново с три отдела: ТО Велико Търново, ТО Русе и ТО Ловеч;
• ТД Пловдив с три отдела: ТО „Процесуално представителство“, ТО „Икономически анализи“ и ТО Стара Загора.